不過(guò)，自從土木堡之變后上直二十六衛(wèi)便亂套了，因?yàn)槊饔⒆谟{親征，十余萬(wàn)親軍幾乎全軍覆沒(méi)，也就錦衣衛(wèi)南北鎮(zhèn)撫司和十四個(gè)千戶所保留了原有的編制，其他諸衛(wèi)基本上是名存實(shí)亡。后面，嘉靖皇帝干脆將剩余的親軍全部編入騰驤左衛(wèi)、騰驤右衛(wèi)、武驤左衛(wèi)和武驤右衛(wèi)，由御馬監(jiān)掌印太監(jiān)指揮，專門負(fù)責(zé)皇宮和皇城的守衛(wèi)，而二十六衛(wèi)其他各衛(wèi)，除了錦衣衛(wèi)保留原有編制，其他全部混入京營(yíng)，由五軍都督府管理，兵部指揮。